鱼池在经过一段时间之后必定会产生藻类，这种藻类与水草所带进来的黑毛藻、丝状藻不同，主要是绿藻与褐藻。藻类过多会影响植物的光合作用，附著在池壁上对鱼有不良影响。
藻类形成的主要原因是因为缸中有机物所产生，所以只要有餵食，有养鱼就会有藻类，多少而以，是无法避免的现象。以下提供几个常用的方法来去除过多的藻类。
物理清除法：
简单的说就是拿刷子去刷，市面上卖的磁铁刷，鱼池刷都很好用，同时并用换水，效果极佳。缺点是麻烦，角落等地方不易清除，而且常常会搞的鸡飞狗跳，鱼池一大更是大工程。
化学清除法：
使用除藻剂，效果普通，优点是对任何藻类都有效，且可有效清除附著在水草、沉木等不易清除地方的藻类。缺点是依据品质不同对鱼和生态平衡有一定程度的冲击。
生物清除法〔最佳方式〕：
使用除藻动物来控制藻类的数量，效果为三种中所花费时间较长，但最安全也最省力的方式。以下介绍几种常用的除藻生物。
1.笠螺：除藻动物首推笠螺，功能大概跟磁铁刷差不多强大。纵横鱼池，天下无敌，连外挂过滤进水口都可以爬进去清。缺点为移动速度缓慢，且因其为汽水域生物〔河海交界生物〕，所以部分个体在淡水中容易死亡，只会生蛋，在正常水族箱中不会孵化。耐药性耐盐性极低，但因其除藻能力超强，仍居除藻生物首位。2.斑马螺：或称彩蛋罗，非苹果螺。除藻能力略逊於笠螺，适应性特性与笠螺相同但以身上如斑马般的鲜艳黑纹著称。
3.苹果螺：除藻能力弱，且便便极多，但优点是容易繁殖，可以数量取胜。